À l'intérieur des terres, les reliefs tortueux des montagnes et des vallées abritent de vastes étendues boisées, parsemées çà et là par de fermes agricoles et des alpages verdoyants liés à la vie dure de la ferme. De plus, les montagnes calcaires creuses de l'intérieur offrent un refuge à une faune cavernicole intéressante. Il convient de souligner certaines espèces de chauves-souris, dont la survie est fortement menacée.
En dehors des espaces naturels protégés, il y a aussi des lieux d'une grande valeur naturalle, peut-être moins vastes, mais d'un charme et d'un intérêt indéniables.À la frontière entre la terre et la mer, le Paysage Natural Protégé du tronçon côtier Deba-Zumaia est une mosaïque de habitats. Ses 4300 ha de surface sont réparties entre le littoral, où on remarque la végétation des falaises et des landes, les prairies atlantiques et le milieu marin, avec de grandes zones intertidales et des prairies sous-marines d'algues rouges.
Les accès à cet espace naturel sont les plages d'Itzurun et d'Algorri, à Zumaia et à Deba, les emplacements d'Elorriaga, d'Errotaberri, d'Itxaspe ou de Lapari. À partir de ces points, les sentiers balisés tels que PR-Gi 5001, SL-Gi 5001, SL-Gi 5002 et GR 121 permettent de connaître facilement tous les coins du Biotope. À Zumaia, en outre, le centre d'interprétation d'Algorri offre de nombreuses informations à ce sujet.
Sa déclaration en tant que zone naturelle protégée date de 2009. Les falaises et les deux zones de mer libre sont des Zones de Réserve Intégrale.
Là où les eaux de la mer et de la rivière se heurtent et se mélangent, l'estuaire de l'Urola présente les écosystèmes typiques des estuaires cantabriques, ce qui prouve son inclusion dans le réseau Natura 2000. Parmi ses habitats, il faut mettre en évidence les marais atlantiques, les forêts riveraines , les Chênes verts de Cantabrique et les dunes côtières.
Bien qu'une petite partie de cet espace appartienne à Zestoa, la plupart de ses 112 ha se trouvent à Zumaia. Et c'est aussi là que se trouvent ses principaux accès: la plage de Santiago et le quartier d'Oikia. À Zumaia, il y a aussi le centre d'Interprétation Algorri, dans lequel les particularités des écosystèmes côtiers sont égrenées.
La complexe chênaie cantabrique du mont Arno est la plus vaste forêt du Géoparc. Parallèlement, dans les zones les plus plates, les prairies de fauche de l'Atlantique ajoutent une variété biologique et environnementale à cet espace qui a été nommé ZEC du Réseau Natura 2000 en 2012.
Une grande partie de la zone naturelle - de 1.122 ha de surface – a un très difficile accès, il est donc conseillé de l'aborder depuis le quartier d’Olatz et l'Alto del Calvario; en passant par le georoute Olatz indiquée comme PR-Gi 47.
Les sommets rocheux d'Izarraitz sont le point culminant du Géoparc et son caractère karstique se manifeste par un paysage parsemé de gouffres, de lapiaces et de grottes. Ses nombreux habitats comprennent des hêtres, des pâturages de montagne et des forêts mixtes se dressant sur les falaises calcaires. C'est également une zone de grande importance pour la conservation de diverses espèces de chauves-souris.
Cette zone, protégée par le Réseau Natura 2000 depuis son inscription en tant que ZEC en 2012, a une surface de 1593 ha et elle est partagée parmi les communes de Deba, Azkoitia, Azpeitia et Zestoa. Pour la connaître, il convient de se rendre dans le quartier de Lastur, sur la colline de Mugarrigain, à Deba, ou dans la vallée de Goltzibar, que partagent Deba et Zestoa. À Lastur, il y a un petit centre d'interprétation du paysage karstique.
Bien qu'il ait subi une profonde transformation due à l'action humaine, l'estuaire de la rivière Deba conserve encore des marais atlantiques d'une certaine valeur. Pour cette raison, il est protégé depuis 2004. De plus, des travaux de conservation ont été faits dans les zones connues sous le nom de Casacampo et d'Artzabal et on a aussi fait une timide restauration des dunes de la plage de Santiago.
Ses 92 hectares de surface sont accessibles depuis Casacampo et depuis Artzabal ; c'est a dire despuis les deux rives de l'estuaire.
Accessible depuis Itziar, le mont Andutz dépasse les 600 m de hauteur. Il a son origine géologique dans le Crétacé inférieur lorsque, sous la mer, poussait le grand récif corallien d'où proviennent ses roches.
Couvrant 213 ha, sa nature karstique émerge à chaque pas dans les lapiaces, les gouffres, les exutoires ou les grottes. Cela se reflète également dans les forêts de chênes cantabriques, les landes atlantiques et les pâturages de montagne qui poussent sur ses flancs.
Dans cette étroite bande côtière de 23 ha, le plus frappant est la couleur sombre de ses roches, ce qui est la conséquence de l'accumulation de matière organique lors de sa formation. Ce sont les matériaux géologiques les plus anciens du Géoparc et il proviennent de la fin du Crétacé inférieur.
Depuis n'importe quel accès que se sont par les plages de Burumendi et de Saturraran, ou par le quartier de Galdona, le paysage montre les prairies atlantiques, les landes atlantiques et la végétation des falaises côtières.